Rekstrarþjónusta Skyggnis á sér langa sögu og reynsla félagsins í rekstri stórra og flókinna tölvukerfa er einstök hér á landi. Sérstaða félagsins felst fyrst og fremst í sérhæfingu í rekstri upplýsingakerfa viðskiptavina með fjölbreyttan og dreifðan rekstur um heim allan.
Skyggnir býður fyrirtækjum uppá sérlausnir í rekstrarþjónustu og sérsníður rekstrarlausnir að þörfum hvers viðskiptavinar. Skyggnir getur hvort heldur sem er tekið yfir núverandi rekstur sem og veitt ráðgjöf um breytingar til hagræðingar og séð um innleiðingu slíkra úrbótaverkefna samhliða rekstrinum.
Vegna agaðra vinnubragða og notkun ferla fæst góð yfirsýn yfir umfang rekstursins. Öll verk eru skjöluð og rekstrarhandbók er gerð fyrir rekstrarumhverfið sem eykur enn rekstraröryggið.